Der heutige Hofgarten mit den beiden Labyrinthen wurde in den 1990er Jahren nach barockem Vorbild gestaltet. In Klosterzeiten befand sich hier jedoch der so genannte „Kuchlgarten“. Hier wurden Nutzpflanzen für die Küche und Heilkräuter für die Klosterapotheke angepflanzt, die sich von 1733 bis 2019 im Unteren Tor befand.
Zudem gab es ab 1593 eine Orangerie, in der exotische Pflanzen wie Orangen und Zitrusfrüchte wuchsen. Besonders die Kultur der Ananas spielte für die Salemer Gärten eine herausragende Rolle. Spezielle Pflanzen kamen vom kaiserlichen Hofgarten in Wien nach Salem.
Es gab in Kloster Salem nicht nur Nutz-, sondern auch Ziergärten. So befand sich etwa östlich von der Prälatur – heute privater Bereich – ein repräsentativer „Abbteygarthen“ und seitlich davon ein „Lustbaumgarthen“ nach französischem Vorbild. Ein Kanal speiste ein Becken, in dem wohl Enten gehalten wurden. Für das Jahr 1772 ist die Anlage eines Irrgartens überliefert. Für dessen Binnenflächen wurden 90 Zwetschgenbäume genutzt. Anfangs waren dort zusätzlich Lorbeerbäume aufgestellt. Im Jahr darauf wurde im Hofgarten noch ein Heckentheater gepflanzt.